Pada season 1 telah menceritakan hubungan asmaranya antara Yumi (Kim Go Eun) dengan Goo Woong (Ahn Bo Hyun).
Yumi dan Goo Woong telah putus dan kini Yumi memiliki sifat lebih dewasa dari sebelumnya ketika bersama Goo Woong.
Namun di season 2 ini berbeda dari sebelumnya, bahwa Yumi (Kim Go Eun) akan memiliki hubungan asmara dengan rekan kerjanya yaitu Yoo Babi (Jin Young GOT7).
Suasana yang sangat romantis ketika kontak mata dari Yumi dan Yoo Babi tak sengaja bertemu dan kemudian benih-benih cinta tumbuh semakin meningkat.
Perlahan Goo Woong membuat Yumi semakin bergetar ketika dilihatnya dengan tatapan berbeda.
Sehingga, keduanya menumbuhkan perasaan ingin tahu dari Yumi dan Goo Woong,
Kisah percintaan Yumi (Kim Go Eun) dan Yoo Babi (Jin Young GOT7) tidak akan mulus karena mengingat Yumi telah putus dari Goo Woong.
Masih sama dengan season 1 sebelumnya, di season 2 ini juga akan menghadirkan animasi cell dalam diri Yumi.
Nantinya, drama Yumi's Cells 2 akan kembali menceritakan kisah Yumi melewati masa-masanya dengan para sel-sel.